Питаясь червями, моллюсками, насекомыми, рыбами, земноводными и другими животными, пресмыкающиеся регулируют их численность. В свою очередь, сами пресмыкающиеся служат пищей многим крупным животным.
Хозяйственное значение ящериц и змей часто недооценивается. Многие из них питаются мелкими грызунами, наносящими вред сельскому и лесному хозяйству. От некоторых ядовитых змей получают змеиный яд, используемый для приготовления ценных лекарственных препаратов.