Летом жгутиконоснцы размножаются бесполым путём. Вначале у них делится ядро, затем удваиваются все органеллы. После этого жгутиконосец делится на два дочерних организма.
У инфузории же происходят как процессы бесполого размножения, так и полового. Половое размножение происходит за счет обмена содержимого ядер при контакте двух клеток (цитоплазматический мостик), процесс конъюгации. При таком процессе размножения новые особи не образуются, две инфузории просто обмениваются своим генетическим материалом. Это способствуют появлению новых признаков. Бесполое размножение инфузории − это деление поперёк. Посередине клетки инфузории появляется перетяжка, и одна клетка превращается в две.