Основными методами селекции любых организмов являются гибридизация и искусственный отбор.
При гибридизации осуществляется скрещивание родительских особей и получение от них гибридов. В результате отбора среди этих гибридов находят особи с интересующими человека признаками. Дальнейшая селекционная работа ведётся в направлении закрепления полученных признаков в сорте или породе и зависит от особенностей размножения объектов селекции.
Искусственный отбор может быть массовым или индивидуальным.
При массовом отборе из потомства берут особи с нужными признаками и скрещивают их между собой, получая гибриды второго поколения. Среди них опять производят массовый отбор особей с нужными признаками и т.д. Массовый отбор обычно применяют для перекрёстноопыляемых растений и для животных. Так был получен сорт ржи Вятка.
При индивидуальном отборе выбирают особь с интересующим человека признаком и получают от неё потомство. Такой метод, естественно, не может применяться при селекции животных, которые размножаются половым путём. Чаще всего методом индивидуального отбора создаются новые сорта самоопыляющихся растений. Таким путём были получены культурные сорта капусты.