Видообразование обычно слагается из двух стадий: первая — возникновение репродуктивной изоляции, вторая — её закрепление естественным отбором.
На первой стадии обмен генами между двумя популяциями данного вида должен быть прекращён. Обычно это происходит в результате географического разделения, например, возникновения между популяциями горной цепи, ледника, водной преграды и пр. Отсутствие обмена генами между двумя популяциями создаёт возможность для их генетического расхождения. Подобное расхождение может возникать и в результате адаптации организмов к местным условиям, и в результате случайных изменений в составе генофонда каждой из популяций. По мере накопления генетических различий между изолированными популяциями возникают и другие изолирующие механизмы, например, различия в сроках размножения, в поведении и т. д. В дальнейшем разделение популяций становится необратимым.
На втором этапе процесс возникновения полной изоляции поддерживается естественным отбором.