В водном сообществе микробы перерабатывают погибших животных, упавшие на дно растения и остатки жизнедеятельности животных. Тем самым очищая пруд и делая его пригодным для жизни других организмов. Растениями питаются раки, улитки, водные насекомые и рыбы. Также в водоёме обитают хищники, которые питаются другими рыбами и насекомыми.
Если сравнить круговорот веществ в водоёме с круговоротом в лесу и на лугу, то можно заметить, что они похожи, различается лишь среда обитания.