Попадая в организм растений, животных и человека, бактерии могут вызывать различные расстройства и заболевания. Например, у растений бактерии могут поражать как некоторые их части, так и весь организм в целом. К таким болезням относятся: базальный бактериоз пшеницы, полосатый бактериоз ячменя, рябуха табака, бактериоз огурца и т.д.
У животных бактерии вызывают такие болезни, как сап, сибирская язва, бруцеллез. Некоторые болезни могут передаваться от животных к человеку. Попадая в организм человека, бактерии провоцируют развитие таких заболеваний, как: ангина, менингит, тиф, пневмония, холера, столбняк, туберкулёз, дифтерия и многие другие.