Лишайники издавна используются человеком. Из них получают лекарства, лакмус, красители. В некоторых странах лишайники используют в пищу.
Некоторые из лишайников защищают деревья от вредных микроорганизмов. Это связано с содержанием в них специфических кислот, которые обладают антимикробной активностью. Поэтому такие лишайники используются человеком для получения антибиотиков. Также из лишайников получают краски, дубильные вещества, лакмус.
Среди лишайников нет видов, ядовитых для человека.
Их применяют в парфюмерной промышленности для закрепления запаха духов и туалетного мыла. В Скандинавских странах их используют для окраски шерсти.
Около 25 видов лишайников занесено в Красную книгу.