Питаясь взвешенными в воде органическими частицами и бактериями, простейшие участвуют в биологической очистке водоёмов. Они служат ценным кормом для мальков рыб, личинок моллюсков и раков. Простейшие, обитающие в желудках коров, оленей и антилоп, помогают этим травоядным животным переваривать пищу. Почвенные простейшие способствуют процессу почвообразования, например радиолярии, которые после отмирания опускаются на морское дно и образуют осадочные породы — кремнистые глины, сланцы, трепел. А также фораминиферы, оседая на дно океана, их раковины образуют отложения, называемые голубым известняковым илом.